InnoDB: Unable to lock ./ibdata1, error: 22Гугление привело сюда Innodb file locking error on startup
Увидел там преинтересный совет
Если вы обновляете критические пакеты, то сначала создайте пакет с текущей версией :)
pkg_create -b /var/db/pkg/THAT_PACKAGE-1.2.3Это чтобы можно было быстро откатить на старую версию.
Кстати это про FreeBSD :)